Найдено научных статей и публикаций: 2, для научной тематики: ArcA
1.
Favorov A.V., Gelfand M.S., Gerasimova A.V., Ravcheev D.A., Mironov A.A., Makeev V.J.
- Bioinformatics , 2005
MOTIVATION: Transcription regulatory protein factors often bind DNA as homo-dimers or hetero-dimers. Thus they recognize structured DNA motifs that are inverted or direct repeats or spaced motif pairs. However, these motifs are often difficult to identify owing to their high divergence. The motif st...
MOTIVATION: Transcription regulatory protein factors often bind DNA as homo-dimers or hetero-dimers. Thus they recognize structured DNA motifs that are inverted or direct repeats or spaced motif pairs. However, these motifs are often difficult to identify owing to their high divergence. The motif structure included explicitly into the motif recognition algorithm improves recognition efficiency for highly divergent motifs as well as estimation of motif geometric parameters. RESULT: We present a modification of the Gibbs sampling motif extraction algorithm, SeSiMCMC (Sequence Similarities by Markov Chain Monte Carlo), which finds structured motifs of these types, as well as non-structured motifs, in a set of unaligned DNA sequences. It employs improved estimators of motif and spacer lengths. The probability that a sequence does not contain any motif is accounted for in a rigorous Bayesian manner. We have applied the algorithm to a set of upstream regions of genes from two Escherichia coli regulons involved in respiration. We have demonstrated that accounting for a symmetric motif structure allows the algorithm to identify weak motifs more accurately. In the examples studied, ArcA binding sites were demonstrated to have the structure of a direct spaced repeat, whereas NarP binding sites exhibited the palindromic structure. AVAILABILITY: The WWW interface of the program, its FreeBSD (4.0) and Windows 32 console executables are available at http://bioinform.genetika.ru/SeSiMCMC
2.
Цыганова М.О., Гельфанд М.С., Равчеев Д.А.
- Молекулярная биология , 2007
В данной работе был проведен сравнительный анализ данных о составе Fnr- и ArcA-модулонов, полученных экспериментально с помощью метода биочипов, и данных о составе Fnr- и ArcA-регулонов, полученных с помощью сравнительно-геномного подхода. Показано, что регуляторный каскад с участием белков Fnr и Ar...
В данной работе был проведен сравнительный анализ данных о составе Fnr- и ArcA-модулонов, полученных экспериментально с помощью метода биочипов, и данных о составе Fnr- и ArcA-регулонов, полученных с помощью сравнительно-геномного подхода. Показано, что регуляторный каскад с участием белков Fnr и ArcA вносит существенный вклад в расширение Fnr-модулона по отношению к Fnr-регулону за счет оперонов ArcA-модулона. Кроме того, обнаружено 26 оперонов с консервативными сайтами связывания Fnr и 16 оперонов с консервативными сайтами связывания ArcA. На основании данных о составе Fnr- и ArcA-регулонов была выделена группа генов, так называемое “ядро” регулонов, с высококонсервативными сайтами связывания Fnr и ArcA и высокими значениями весов для этих сайтов.
