Нитрат и нитрит - наиболее предпочтительные акцепторы электронов в отсутствие молекулярного кислорода. В организме гамма-протеобактерии Escherichia coli регуляция нитрат-нитритного дыхания осуществляется двумя гомологичными факторами транскрипции NarL и NarP. Данная регуляторная система интенсивно изучается в течение более чем двадцати лет, однако многие ключевые вопросы, в том числе и структура сайта связывания белка NarL, до сих пор остаются нерешенными. Применение методов сравнительной геномики позволило установить, что в большинстве организмов из группы гамма-протеобактерий регуляция осуществляется одиночным белком NarP. Изучение NarP-регулона в десяти геномах показало, что его структура в разных геномах может весьма различаться, однако механизм регуляции генов восстановления нитрата и нитрита является крайне консервативной. Обнаружена корреляция между эволюцией системы нитрат-нитритного дыхания и изменениями в структуре регуляторной системы. Обнаружение NarP-сайтов перед геном глобального регулятора FNR и генами аэробного метаболизма, cydAB, mdh и sucAB, указывает на то, что роль белка NarP в регуляции дыхания изменяется в процессе эволюции. Обнаружено 35 новых членов обобщенного регулона, установлена авторегуляция оперона narQP в организмах сем. Vibrionaceae.