The review summarizes main trends in the development of methods for the prediction of protein post-translational modifications (PTMs) by considering the three most common types of PTMs Ð phosphorylation, acetylation and glycosylation. Considerable attention is given to general characteristics of regulatory interactions associated with PTMs. Different approaches to the prediction of PTMs are analyzed. Most of the methods are based only on the analysis of the neighbouring environment of modification sites. The related software is characterized by relatively low accuracy of PTM predictions, which may be due both to the incompleteness of training data and the features of PTM regulation. Advantages and limitations of the phylogenetic approach are considered. The prediction of PTMs using data on regulatory interactions, including the modular organization of interacting proteins, is a promising field, provided that a more carefully selected training data will be used.
Russian Chemical Reviews, 2014, 83 (2), 143–154.

Данная статья является продолжением нашего исследования белков биоминерализации, обнаруженных в диатомеях, губках, магнитотаксических бактериях, а также поиска их гомологов среди белков растений, животных и других форм жизни. В частности, на уровне целых последовательностей и их отдельных участков in silico показана различная степень гомологии фрустулинов (Cylindrothecafusiformis, Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055 / 1, Naviculapelliculosa, Thalassiosirapseudonana), представляющих семейство кальций-связываюших гликопротеинов, участвующих в формировании видоспецифичного биокремнеземного панциря диатомей, с белками вирусов, бактерий, простейших многоклеточных, червей, насекомых, устриц, ланцетников, рыб, млекопитающих, в том числе человека, а также грибов и растений.
Успехи наук о жизни, 2010. - №2. - С. 91-98.