Методами биоинформатики (in silica) на уровне целых полипептидных цепей и отдельных участков аминокислотных последовательностей установлена (с учетом открытых новых протеинов) степень гомологии внутри групп белков биоминерализации силаффинов, силацидинов и силикатеинов. Для типичных представителей данных белков, а также силиказы (единственный представитель), был произведен поиск гомологов первичной структуры из числа известных пептидов и полипептидов (обработано около 2000 аминокислотных последовательностей). Сходство первичных структур гомологов силаффинов составило 21-94% (E-value от 0 до 5.0×10-6), силацидинов – 45-98% (E-value от 2.0×10-3 до 6.7×10-2), силикатеинов – 39-50% (E-value от 3.0×10-89 до 1.0×10-88), силиказы – 28-40% (E-value от 8.0×10-43 до 1.0×10-17). Проанализировано распределение гомологов по семействам вирусов, а также классам бактерий, растений и животных. Сопоставлены биологические функции исследуемых белков и их гомологов.
Успехи наук о жизни, 2012, №4. С. 64-72.

Кладограммы обычно включают большое число эволюционных реверсий, параллелизмов и конвер генций, объединяемых под общим понятием гомоплазии. В последние годы стало ясно, что моле кулярные признаки, выглядящие как гомоплазии, на самом деле могут представлять собой истин ные гомологии. Процессы независимой сортировки генов, лежащие в основе таких явлений, недав но было предложено называть гемиплазиями. В настоящей статье продемонстрирована теоретическая возможность независимого проявления истинной гомологии (синапоморфии) в уда ленных ветвях филогенетического дерева при анализе морфологических признаков: данное явле ние по своему проявлению (но важно, что не по природе) сходно с понятием гемиплазии. В случае с “морфологической гемиплазией” признаки, возникшие в филогении единожды, оказываются разнесенными на дереве, что позволяет кладисту формально трактовать их как параллелизмы. Предполагается, что “морфологической гемиплазией” можно объяснить ряд неясных случаев в фи логении птиц. В качестве иллюстрации приведены примеры появления “утиного” клюва у палеоге новых Presbyornithidae и современных Anatidae и Anseranatidae (Anseriformes), апоморфного строе ния летательного аппарата у палеогеновых стрижеобразных Jungornithidae и современных Trochilidae (Apodiformes), а также “независимое” появление характерным образом устроенной зигодактильной лапы у Zygodactylidae и Pici.
Зоологический журнал. 2011. Т. 90. №. 7. С. 883-890.