Общее признание филогенетической систематики (кладистики) связано с ее кажущейся объективностью и адекватностью отражения эволюции в системах, построенных на основании генеалогии. Однако строго монофилетические группы, включающие представителей различного эволюционного уровня, зачастую не имеют собственной истории, и поэтому кладистическая систематика способствует созданию таксонов со смешанной историей, которые не могут считаться естественными объектами. Напротив, парафилетические группы, не приемлемые с позиций кладистики, могут иметь свою собственную эволюционную историю, информация о которой в кладистической системе теряется. Информация о предке не только не заложена в концептуальной основе кладограммы, но и может быть существенно искажена. Поскольку среди ископаемых групп организмов наибольшее распространение имеют парафилетические таксоны, именно палеонтологи, использующие кладистическую методологию, вынуждены чаще всего игнорировать эволюционное содержание биоразнообразия при построении классификаций. В результате этого система перестает служить накоплению знаний об эволюции, а ископаемые организмы перестают играть роль в ее познании.
М.: ПИН РАН. С. 9-25.

Кладограммы обычно включают большое число эволюционных реверсий, параллелизмов и конвер генций, объединяемых под общим понятием гомоплазии. В последние годы стало ясно, что моле кулярные признаки, выглядящие как гомоплазии, на самом деле могут представлять собой истин ные гомологии. Процессы независимой сортировки генов, лежащие в основе таких явлений, недав но было предложено называть гемиплазиями. В настоящей статье продемонстрирована теоретическая возможность независимого проявления истинной гомологии (синапоморфии) в уда ленных ветвях филогенетического дерева при анализе морфологических признаков: данное явле ние по своему проявлению (но важно, что не по природе) сходно с понятием гемиплазии. В случае с “морфологической гемиплазией” признаки, возникшие в филогении единожды, оказываются разнесенными на дереве, что позволяет кладисту формально трактовать их как параллелизмы. Предполагается, что “морфологической гемиплазией” можно объяснить ряд неясных случаев в фи логении птиц. В качестве иллюстрации приведены примеры появления “утиного” клюва у палеоге новых Presbyornithidae и современных Anatidae и Anseranatidae (Anseriformes), апоморфного строе ния летательного аппарата у палеогеновых стрижеобразных Jungornithidae и современных Trochilidae (Apodiformes), а также “независимое” появление характерным образом устроенной зигодактильной лапы у Zygodactylidae и Pici.
Зоологический журнал. 2011. Т. 90. №. 7. С. 883-890.