Ю.М. Вишняков, Хоанг Суан Бать. XML в описании структуры графического интерфейса // Перспективные информационные технологии и интеллектуальные системы, № 1 (21), 2005, http://pitis.tsure.ru/

О.М. Рябцева. Структура личности и личностная индивидуализация процесса обучения // Перспективные информационные технологии и интеллектуальные системы, № 2 (22), 2005, http://pitis.tsure.ru/

Приводятся результаты поиска консервативных структур регуляции транскрипции с участием Т-боксов, найденные оригинальным алгоритмом авторов, у многих Грам положительных бактерий. Эти результаты значительно расширяют данные из известной базы Rfam, содержащей структуры РНК. Соответствующие множественные выравнивания приведены в другой публикации авторов.

Рассмотрен метод, позволяющий осуществлять точный синтез законов управления нелинейным стохастическим объектом с неопределенной структурой вектора состояния, оптимальных в смысле нелинейных вероятностных критериев. Показаны преимущества предложенного метода по сравнению с методом управления, не предполагающим точную идентификацию структуры вектора состояния в процессе движения объекта.

Описана структура коммутационной схемы для систем дистанционного обучения. Приведены необходимые и достаточные условия, которым должны удовлетворять параметры односвязной многокаскадной схемы, построенной методом итерации для того, чтобы она допускала неодинарную или неодинарную с ограничением разовую коммутацию.

В работе [2] предлагается модель, в первую очередь, классической РНКовой регуляции экспрессии генов с помощью прерывания (терминации) процесса транскрипции. Модель опирается на представление о макросостоянии вторичной структуры в регуляторной области РНК между рибосомой и полимеразой, на формулы резонансного типа, определяющие величину замедления РНК-полимеразы набором шпилек в той же области, на представления о процессах посадки и последующего движения рибосомы и полимеразы. Специальное внимание уделяется подбору параметров модели. Для проверки модели проведено компьютерное моделирование и получены, в частности, зависимости вероятности терминации транскрипции от величины концентрации загруженных тРНК и от концентрации аминокислоты в клетке или в культуре для многих регуляторных областей в геномах бактерий (здесь данные приводятся для четырех стрептомицетов) и при различных значениях трех параметров, которые авторы рассматривают как основные. Полученные зависимости согласуются с доступными экспериментальными данными; в том числе, по форме графиков, относящихся к активности фермента в зависимости от концентрации аминокислоты (например, атранилат синтазы от триптофана в культуре у S. venezuela). Белок-ДНКовая регуляция транскрипции, как и секвестор трансляции, находят отражение в предлагаемой модели, но их подробные разработки будут представлены в другой статье. В дальнейшем на основе нашей модели предполагается получить предсказания о влиянии точечных “мутаций” в регуляторных областях геномов на результат аттенюаторной регуляции, включая предсказания об эволюционной устойчивости организмов. А затем --- включить эту модель в более широкую модель регуляции и метаболизма у бактерий. Другое возможное использование: сейчас аттенюаторная регуляция предсказывается обычно на основе множественного выравнивания, для этого требуется несколько последовательностей; получение с помощью модели на индивидуальной последовательности характерной для аттенюации или ее отсутствия кривой при подходящих параметрах могло бы рассматриваться как аргумент в пользу наличия или отсутствия аттенюации.

Предлагается модель, описывающая процесс взаимодействия компонент сложной географической или геоэкологической структуры. Основное предположение состоит в том, что компоненты структуры взаимодействуют локально, то есть только при наличии прямых пространственных или функциональных связей. В качестве примеров рассматриваются распространение загрязняющих веществ с поверхностным стоком, а также цепочки вторичных природных и природно-техногенных катастроф, возникающих как последствия спонтанных катастроф, таких, как землетрясения.

Приводится алгоритм и результаты счета для одной из фундаментальных задач алгоритмической (или, как иногда говорят, вычислительной) генетики — задачи определения альтернативной вторичной структуры РНК.

Описана формальная постановка задачи поиска консервативных вторичных структур РНК и алгоритм ее решения. Приведены результаты тестирования алгоритма на наборах фрагментов последовательностей РНК.

А.А. Мирзоев, Н.А. Смолин, Б.Р. Гельчинский . Новая методика моделирования структуры ближнего порядка бинарных неупорядоченных систем в рамках метода сильной связи. Известия Челябинского научного центра, http://www.csc.ac.ru/news/, Выпуск 2(2), 1998