Р.С. Калашников. Построение дерева Штейнера методом генетического поиска // Перспективные информационные технологии и интеллектуальные системы, № 2 (22), 2005, http://pitis.tsure.ru/

О.Б. Лебедев. Оптимальное размещение дискретных источников тепловой энергии с использованием метода генетического поиска // Перспективные информационные технологии и интеллектуальные системы, № 4 (24), 2005, http://pitis.tsure.ru/

Приводятся результаты поиска консервативных структур регуляции транскрипции с участием Т-боксов, найденные оригинальным алгоритмом авторов, у многих Грам положительных бактерий. Эти результаты значительно расширяют данные из известной базы Rfam, содержащей структуры РНК. Соответствующие множественные выравнивания приведены в другой публикации авторов.

Дано подробное описание эвристического алгоритма поиска клики в многодольном графе и результаты применения к выравниванию нуклеотидных последовательностей. В частности, описаны THI-рибосвитчи у гипотетического ABC транспортера актинобактерий.

Предложен алгоритм поиска консервативных нетранслируемых участков в мРНК с учетом дерева видов. В частности, найдены сигналы у генов, имеющих интроны и траскрибируемых в хлоропластах растений из Embryophyta. У многих хлоропластов гены белков имеют интроны. Поэтому трансляция не может происходить сразу после транскрипции, как это имеет место у бактерий. В тоже время аппарат трансляции у хлоропластов очень близок к таковому у бактерий. В статье описан потенциальный сигнал, который мог бы обеспечивать такую задержку начала трансляции гена с интронами.

Приводится алгоритм и результаты счета для одной из фундаментальных задач алгоритмической (или, как иногда говорят, вычислительной) генетики — задачи определения альтернативной вторичной структуры РНК.

Описана формальная постановка задачи поиска консервативных вторичных структур РНК и алгоритм ее решения. Приведены результаты тестирования алгоритма на наборах фрагментов последовательностей РНК.

В работе исследуются алгоритмы поиска, используемые в фоновом режиме, и предлагается математическая модель этих алгоритмов, опирающаяся на понятие информационной сети с переключателями с иначе введенной мерой сложности, учитывающей времена обработки пользователем элементов ответа. В работе также предлагается быстрый фоновый алгоритм решения двумерной задачи о доминировании с линейными затратами по памяти. Для сравнения отметим, что нефоновый алгоритм, среднее время поиска которого равно среднему времени перечисления ответа плюс некая константа, требует квадратичных затрат по памяти.

Задача динамического поиска c простым движением объектов в ограниченной выпуклой области n-мерного евклидова пространства сводится к такой же задаче в области, содержащей исходную. В качестве применения полученного результата приведено построение поисковой траектории на плоскости.

В работе выполнен обзор результатов по проблеме поиска существенных факторов в линейной модели. Рассмотрены алгебраические и комбинаторные свойства матриц планов отсеивающих экспериментов.