Повышение эффективности процесса управления экологической реабилитацией природохозяйственной системы региона требует предложения новых научных подходов, разработки соответствующих алгоритмов и индикаторов контроля и оценки за ходом реализации стратегии экологической реабилитации. Они должны соответствовать современным реалиям с одной стороны, и учитывать перспективы развития отдельных регионов и существующий уровень развития среды обитания хозяйствующих субъектов – с другой.