Найдено научных статей и публикаций: 1, для научной тематики: аминокислотная последовательность
1.
Александров К.Е., Соболев Б.Н., Филимонов Д.А., Поройков В.В.
- Информационный вестник ВОГиС , 2009
Разработан новый метод распознавания функциональных классов белков на основе оригинального способа описания аминокислотной последовательности. Каждая последовательность из обучающей выборки сравнивается с аннотируемой последовательностью, на основе чего вычисляются оценки локального сходства для каж...
Разработан новый метод распознавания функциональных классов белков на основе оригинального способа описания аминокислотной последовательности. Каждая последовательность из обучающей выборки сравнивается с аннотируемой последовательностью, на основе чего вычисляются оценки локального сходства для каждой аминокислотной позиции. Эти оценки используются в качестве входных данных для оригинального классификатора. Метод тестировался на 56 классах белков «Золотого стандарта» («Gold Standard» (Brown et al., 2006)), сериновых протеазах и других классах белков. Разработанная нами программа показала высокую точность предсказания – для большинства классов 100 %-я точность. При отнесении белков к классам Международной классификации ферментов (EC) наша программа превосходит по точности программу SVMProt (на основе метода опорных векторов) и сопоставима с программами HMMer (на основе скрытых Марковских моделей) и PROF_PAT (на основе паттернов множественных мотивов). Описанный метод предполагается использовать как для предсказания функциональных классов белков, так и для поиска сайтов функциональной специфичности в аминокислотных последовательностях.
Информационный вестник ВОГиС, 2009, 13 (1), 114-121.