Согласно предлагаемой гипотезе, нативная агрегация— это обратимая высокоспецифичная агрегация белков, находящаяся под генетическим контролем (запрограммированная агрегация), в результате которой формируются временные структуры. Предполагается, что догма Анфинсена может быть распространена на межбелковые взаимодействия: состав и аминокислотная последовательность определяют не только вторичную структуру и другие структурные уровни белка, но и характер его взаимодействия с другими белками (агрегации, ассоциации). Функционирование клетки (или отдельной структуры) рассматривается как повторяющаяся серия переходов между двумя состояниями, состоянием покоя и активности (модель двух состояний). В состоянии покоя ключевые белки клетки (или отдельной структуры) представлены неактивными формами: нативно-развернутыми и глобулярными белками. При активации, в нативно-развернутых белках (включая развернутые участки белков) начинают формироваться вторичные структуры (в результате сворачивания полипептидной цепи), а в глобулярных белках вторичные структуры становятся доступными для взаимодействия в результате плавления глобул. Индуцированные вторичные структуры обеспечивают высоко специфичные внутри- и межбелковые взаимодействия. В результате такого взаимодействия появляются временные структуры, выполняющие функции, необходимые для обеспечения функциональной активности.