Серьезную угрозу для качества воды и биологических ресурсов Дубоссарского водохранилища представляет загрязнение его неочищенными стоками,токсическими веществами, поступающими с поверхностным стоком. Комплексные исследования Дубоссарского водохранилища позволили количественно охарактеризовать санитарно-гидрохимическое и гидробиологическое его состояние, направленность физико-химических и биологических процессов с учетом его самоочищения. Система биологического самоочищения не справляется с нынешней нагрузкой водохранилища органическим веществом. Для устранения создавшегося положения, наряду с очисткой стоков до нормируемых пределов, необходимо снизить объем сбрасываемых в него стоков не менее чем в два раза в многоводные годы и в три-четыре раза в маловодные.